Cuando queremos copiar un árbol de directorios en windows y queremos conservar los permisos, propietario, hora de acceso, etc. la función copy normal se nos queda totalmente coja. Necesitamos recurrir a herramientas más avanzadas como RoboCopy.
RoboCopy se encuentra dentro del paquete Resource Kit Tool de windows, donde hay un montón de herramientas útiles. La documentación se encuentra en un archivo .doc en el directorio de instalación, echadle un ojo porque tiene multitud de opciones.
La línea que os pongo a continuación es la que uso yo y copia todo el árbol de directorios, con todos los atributos de los ficheros y los permisos:
robocopy.exe _C:dir_origen_ _D:dir_destino_ /COPYALL /SEC /ZB /E /R:0 /W:0 /LOG:_ficherolog.txt_ /NFL /NDL